มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ร่วมกับทบวงมหาวิทยาลัยและหน่วยงานภาครัฐบาลและเอกชน ภายในจังหวัดสกลนคร จัดทำโครงการจัดตั้ง “มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร”ขึ้นเป็นวิทยาเขตสารสนเทศ เนื่องในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงครองสิริราชสมบัติเป็นปีที่ 50 กอปรกับเพื่อเป็นการสนองนโยบายของรัฐบาลในการกระจาย โอกาสทางการศึกษาไปสู่ภูมิภาคของประเทศในช่วงแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 7 (2535-2539) และ ฉบับที่ 8 (2540-2544)
คณะวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร ได้รับการจัดตั้งให้เป็นคณะอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน 2543 ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง จัดตั้งคณะ สำนัก และสำนักงานวิทยาเขต ที่จังหวัดสกลนคร และได้เริ่มดำเนินการเรียนการสอนที่วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร ตั้งแต่ปีการศึกษา 2543 ในหลักสูตรระดับปริญญาตรี 3 หลักสูตร ซึ่งใช้ร่วมกับคณะวิศวกรรมศาสตร์ วิทยาเขตบางเขน
ปีการศึกษา 2543 - 2545
ในระยะเริ่มต้นของการจัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมศาสตร์ ในช่วงปีการศึกษา 2543 - 2545 คณะได้ขอยืมหลักสูตรจากคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตบางเขน (ในขณะนั้น) มาเปิดทำการเรียนการสอน จำนวน 3 หลักสูตร ประกอบด้วย
ปีการศึกษา 2546
คณะได้ใช้หลักสูตรที่ทางคณะได้พัฒนาขึ้นมาเปิดทำการเรียนการสอนทดแทนหลักสูตรเดิมที่ขอยืมจากคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตบางเขน จำนวน 3 หลักสูตร คือ
ปีการศึกษา 2547
คณะได้ขอยืมหลักสูตรจากคณะศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน มาเปิดทำการเรียนการสอน เพิ่มเติม อีกจำนวน 1 หลักสูตร คือ
ปีการศึกษา 2550
คณะได้เปิดทำการเรียนการสอนในโครงการพิเศษ โดยการนำหลักสูตรที่คณะเปิดสอนในขณะนั้นมาจัดการเรียนการสอนนอกเวลาราชการ เพิ่มเติม จำนวน 1 หลักสูตร คือ
ปีการศึกษา 2551
คณะได้เปิดทำการเรียนการสอนในโครงการพิเศษ เพิ่มเติมอีก จำนวน 1 หลักสูตร คือ
ปีการศึกษา 2552
คณะได้เปิดทำการเรียนการสอนในโครงการพิเศษ เพิ่มเติมอีก จำนวน 1 หลักสูตร คือ
ปีการศึกษา 2554
คณะได้เปิดทำการเรียนการสอน ในระดับปริญญาตรี เพิ่มเติมอีก จำนวน 2 หลักสูตร และระดับปริญญาโท จำนวน 1 หลักสูตร คือ
ปีการศึกษา 2558
คณะได้เปิดทำการเรียนการสอน ในระดับปริญญาตรี เพิ่มเติมอีก จำนวน 2 หลักสูตร คือ
ปีการศึกษา 2559
2559 คณะได้เปิดทำการเรียนการสอน ในระดับปริญญาตรี เพิ่มเติมอีก จำนวน 1 หลักสูตร และระดับปริญญาโท อีก จำนวน 1 หลักสูตร ในรูปแบบของโครงการพิเศษ คือ
"เป็นเลิศในการบูรณาการศาสตร์และเทคโนโลยีเพื่อยกระดับคุณภาพชีวิต"